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Mi, 28.04.2004
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Sebastian Wernicke
On the Algorithmic Tractability of Graph Bipartization Related to Haplotyping Problems
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Die Analyse von Haplotypen hat sowohl in der Phylogenetik wie auch
Pharmakogenetik eine große Bedeutung. Um die enstsprechenden Daten zu
erhalten, ist eine Sequenzierung der einzelnen DNA Stränge notwendig, was
sich jedoch in der Praxis häufig als zu Aufwendig herausstellt. Daher möchte
man Methoden zur Verfügung haben, welche aus den Daten einer einmaligen
Sequenzierung zweier DNA Stränge die Sequenz jedes einzelnen Strangs
ergeben.
Diese Aufgabe lässt sich auf das NP-vollständige Problem der
Graphbipartisierung zurückführen, für das im Vortrag ein effizientes
Verfahren zur exakten Lösung mit Hilfe von Datenreduktionsverfahren
vorgestellt wird.
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Mi, 05.05.2004
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Michael Köhler, FB. Informatik, Universität Hamburg
Objektnetze - Definition und Eigenschaften
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Gegenstand des Vortrags sind die theoretischen Eigenschaften des
Formalismus der Objekt-Petrinetze, kurz: der Objektnetze. Dieser
Formalismus erweitert die Petrinetztheorie insofern, als dass nicht nur
Werte als Marken zugelassen sind, sondern sogar Objekte mit innerer
Aktivität. Für Objektnetze werden diese Objekte wiederum durch
Petrinetze
beschrieben, so dass sich "Netze in Netzen" befinden. Die rekursive
Verschachtelung von Petrinetzen ist prinzipiell unbeschränkt.
Um Objektnetze in den formalen Kontext der allgemeinen Petrinetztheorie
einzuordnen, wird untersucht, welche Ausdrucksmächtigkeit der
Formalismus
besitzt. Es ist zu klären, inwieweit sich die strukturellen
Eigenschaften
auf Objektnetze übertragen. Weiterhin sind Entscheidbarkeitsfragen
(wie
beispielsweise das Erreichbarkeits- oder das Beschränktheitsproblem) zu
analysieren.
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Mi, 12.05.2004
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Moritz Maaß
Average-Case Analysis of Approximate Trie Search
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For the exact search of a pattern of length m in a database of n
strings the trie data structure allows an optimal lookup time of
O(m). If errors are allowed between the pattern and the
database strings, no such structure with reasonable size is known.
Using a trie some work can be saved and running times superior to
the comparison with every string in the database can be achieved.
We investigate a comparison-based model where ``errors'' and
``matches'' are defined between pairs of characters.
When comparing two characters, let p be the probability of an
error. Between any two strings we bound the number of errors by D,
which we consider a function of n. We study the average-case
complexity of the number of comparisons for searching in a trie in
dependence of the parameters p and D. Our analysis yields the
asymptotic behavior for memoryless sources with uniform
probabilities. It turns out that there is a jump in the average-case
complexity at certain thresholds for p and D. Our results can be
applied for any comparison-based error model, for instance,
mismatches (Hamming distance), don't cares, or geometric character
distances.
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Mi, 19.05.2004
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Sonderkolloquium:
Thomas
Erlebach, ETH Zürich
Wavelength Conversion in Optical Networks with Shortest-Path Routing
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All-optical networks offer the capacity that is required to meet
the ever-increasing demands for transmission bandwidth. A connection
is established by assigning it a wavelength and a path from transmitter
to receiver. Wavelength blocking can reduce the usable capacity of
the network. The use of wavelength converters has been proposed in
order to alleviate this problem. While previous work on wavelength
converter placement has studied the case where arbitrary sets of paths
must be accomodated, we focus on the variant of the problem where all
connections are routed along shortest paths. We present efficient
algorithms for deciding whether a placement of wavelength converters
allows the network to run at maximum capacity, and for finding an
optimal wavelength assignment if such a placement of converters is
given. Concerning the problem of computing an optimal converter placement,
we prove MAX SNP-hardness. Devising a good approximation algorithm
remains an interesting open problem.
This is joint work with Stamatis Stefanakos.
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Mi, 26.05.2004
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Stefan Eckhardt
Distanz Approximierende Spannbäume
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Inhalt des Vortrages sind "Distanz Approximierende Spannbäume" und "absolut
distanz optimierte Spannbäume". In der Literatur wurden einige Präzidenzfälle
zu beiden Themen bereits untersucht, z.B. t-multiplikative Spannbäume,
allemeine k-additive Spanner oder "Optimum Communication Spanning Trees".
Spanner haben als Synchronisierer in einer Multiprozessorumgebung und als
Hilfsmittel in der Netzwerkanalyse ihre Anwendung.
In allen Arbeiten soll der gesuchte Spannbaum einen Wert bezüglich eineer
bestimmte Matrixnorm auf seiner Distanzmatrix optimieren, bzw. den
Unterschied zwischen seiner Distanzmatrix und der des ursprünglichen Graphen
bezüglich einer bestimmten Norm und unter bestimmten Nebenbedingungen (z.b.
Vorgabe einer bestimmten Teilmenge der Kanten als fix) minimieren. Es wurden
neue NP-Vollständigkeitsresultate gezeigt, eines soll exemplarisch
vorgestellt werden.
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Mi, 02.06.2004
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Dmytro Chibisov
(1) Spatial planing and geometric optimization:
combining energy and configuration space methods
using functional representation of semi-algebraic
point sets. (joint work with Sergei Pankratov)
and
(2) Domain decomposition by computing invariant matrix groups of functional
representation of semi-algebraic point sets.
(joint work with V. Ganzha, E. Vorozhtsov)
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1. We consider the problem of translational and rotational motion of a
geometric object avoiding
obstacles of a particular shape. The position and orientation of the
geometric object to be moved
is represented as a single point in a configuration space. The
configurations forbidden to this object,
due to the presence of obtacles, can be characterized as regions in this
configuration space,
called configuration space obstacles. The geometric object to be moved
as well as obstacles are
defined by non-linear inequalities. The algorithm that computes the
configuration space obstacles
(so-called Minkowski sum of semi-algebraic point sets) using functional
representation of point sets
(so-called R-Functions) will be discussed. R-Functions define a
potential field, which
"moves" the object avoiding any collisions.
2. Domain decomposition method is a well-known family of approaches to
parallelization of the numerical solution of Partial Differential
Equations (PDE's).
In the case of Finite Element Method (FEM), the PDE is reduced to the
system of linear
algebraic equations. The unknowns in this system are values of the
solution function at
the particular spatial positions in the entire of the domain. Domain
decomposition leads
to efficient decoupling of a system of linear equations, which can be
solved independently,
for example, on several parallel processors. We show, how complicated
geometric domains
can be represented in functional form using so-called R-Functions. The
latter enable
one to define complicated domains in terms of it\x{2019}s primitive parts usng
set-theoretic operations.
We decompose the complicated domain described with the aid of
R-Functions into symmetric
parts by computing the invariant matrix group of primitive parts.
Our recent idea is to facilitate the symbolic abilities of computer
algebra and to
solve the PDE with symbolic boundary conditions. This allows one to
calculate the solution
of the PDE only on one of the symmetric parts. The overall solution can
be assembled
using the symmetry information. This approach allows to speed up the
numerical
computation by factor 2 to 8. The advancing front triangulation of
decomposed parts
as well as finite element simulation on the resulting unstructured grid
will be discussed.
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Mi, 09.06.2004
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Thomas Bayer
Intersections of Polynomial Rings and Modules with Applications
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Es werden die zwei zunächst unzusammenhängende Probleme der Berechnung
des Schnittes von Ringen und Moduln sowie der
Stratifizierung von linearen Aktionen kompakter Lie Gruppen betrachtet.
Die Verbindung zwischen den beiden Problemen
liegt in der Invariantentheorie von algebraischen
Gruppen.
Es werden neue Algorithmen zur Berechnung des Schnittes von endlich
erzeugten graduierten Ringen bzw. graduierten
Moduln, und zur Berechnung von Invariantenringen und von Äquivarianten
vorgestellt.
Weiters wird ein neuer Zugang zur Berechnung von Stratifikationen von
Aktionen kompakter Lie Gruppen vorgestellt, der auch die
Berechnung von einzelnen Strata ermöglicht. Es wird gezeigt, dass zur
Beschreibung eines d-dimensionalen Stratum maximal
d Ungleichungen benötigt werden, was sich als
optimal herausstellt.
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Mi, 23.06.2004
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Stefan Pfingstl
Datenerfassung mit Wrapper - Probleme und Loesungsansaetze
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Die bibliographische Datenbank LEABiB besteht nun schon seit ca. 20 Jahren am Lehrstuhl fuer effiziente Algorithmen.
Seit ca. einem Jahr werden die Daten nicht mehr manuell sondern mit Hilfe von Wrappern erfasst.
Es werden die Probleme und Loesungsansaetze der automatischen Daten-Erfassung vorgestellt.
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Mi, 30.06.2004
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Prof. Helmut Veith
Model Checking und die Komplexitaet von Graphproblemen
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Model Checking ist eine praktisch erfolgreiche Methode zur
Verifikation von Hard- und Software, in der Logik und Algorithmik Hand in
Hand gehen. Die zentrale technische Herausforderung ist der Umgang mit
graphbasierten Modellen enormer Groesse, fuer die selbst lineare
Algorithmen ungeeignet sind.
In diesem Vortrag betrachten wir die Entwicklungsschuebe der
Verifikationstools im Ueberblick, und gehen danach auf neuere Resultate
zur Dekomposition unendlicher Systeme im Detail ein.
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Mi, 07.07.2004
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Entfällt (Raum ist durch die Vorbesprechung
der Ferienakademie besetzt.)
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Mi, 14.07.2004
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Do, 15.07.2004, 13:00 Uhr s.t.
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Dr. Werner
Meixner
Informatische Logik und operative Mengenlehre
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Die mathematische Logik und die Mengenlehre werden relativiert durch
Einbettung
in eine informatische Logik und eine operative Mengenlehre.
Einerseits wird dadurch der grundlagentheoretische Anschluß der Logik zur
Quantenlogik der Physik hergestellt.
Andererseits wird eine Formalisierung der Semantik logischer Prozesse
geleistet, die sowohl die operative als auch die relationale Semantik
umfaßt.
Schlüssel für die Relativierung ist
die Ablösung des überkommenen Existenzbegriffs der Logik und Philosophie
durch den
Begriff der sogenannten "erzeugten Existenz".
In diesem Sinne existente Objekte sind begrifflich "Leerstellen".
Ihre Bedeutung bzw. ihre Eigenschaften erhalten erzeugte Objekte
durch die Historie der zur Anwendung gekommenen Operationen.
Das Ausgangsziel einer Beseitigung von Antinomien der klassischen
Mengenlehre
wird erreicht durch Einführung der operativen Mengenlehre.
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Mi, 21.07.2004
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Stefan Katzenbeisser
Secure Watermark-based Authentication of Digital Media
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The increasing availability of sophisticated
multimedia technology has made the manipulation of
digital images, videos or audio files easy. While
this enables numerous new applications, a certain
loss of trust in digital media can be observed, as
there is no guarantee that a multimedia object was
not intentionally modified. To counteract this risk,
fragile watermarks were proposed to protect the
integrity of digital multimedia objects. In high
security applications, it is necessary to be able to
reconstruct the original object out of the
watermarked version. This can be achieved by the use
of invertible watermarks. While traditional
watermarking schemes introduce some small
non-invertible distortion in the digital content,
invertible watermarks can be completely removed from
a watermarked work. In this talk we show how
invertible watermarks can be used to construct
provably secure schemes that allow to verify the
integrity and authenticity of multimedia objects.
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Mi,
28.07.2004
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Kostyantyn Titorenko (Ansprechpartner: Peter Ullrich)
Some applications of hyperelliptic curves in Cryptography
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There are two algorithmically difficult mathematical
problems mainly exploited by public key cryptography
- factorization and the discrete logarithm on
elliptic curves. This report will present
hyperelliptic curves (generalization of elliptic
curves), which were proposed for cryptographic use
by Koblitz in 1989, and still are the object of
extensive research.
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Do,
23.09.2004
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Dr. Ely Porat (Bar-Ilan Univ.)
Pattern matching with at most k-errors
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The string matching with mismatches problem is that
of finding the number of mismatches between a
pattern P of length m and every length m substring
of the text T. Currently, the fastest algorithms for
this problem are the following. The Galil-Giancarlo
algorithm finds all locations where the pattern has
at most k errors (where k is part of the input) in
time O(nk). The Abrahamson algorithm finds the
number of mismatches at every location in time O(n
sqrt(m log m)). We present an algorithm that is
faster than both. Our algorithm finds all locations
where the pattern has at most k errors in time O(n
sqrt(k log k)). We also show an algorithm that
solves the above problem in time O((n +
(nk3)/m) log k).
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